分类目录归档：科研&学习

2022
10-01

不看后悔！GEO数据库10X单细胞测序原始测序测序数据（fastq）下载指南来啦

每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
2022
10-01

双荧光素酶实验

一、实验原理利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性，把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因（firefly luciferase）的上游， 构建成荧光素酶报告质粒。然后转染细胞，适当刺激或处理后裂解细胞，测定荧光素酶活性。通过荧光素酶活性的高低判断刺激前后或不同刺激对感兴趣的调控元件的影响。同时，为了减少内在的变化因素，比如：培养细胞的数目、细胞转染和裂解的效率等对实验准确..... 阅 读 全 部 >
2022
10-01

知识分享：Cre-loxP重组系统

一．Cre-loxP重组系统作用原理1. Cre重组酶和loxP位点Cre重组酶（Cyclization Recombination Enzyme）由大肠杆菌噬菌体P1的Cre基因编码，是由343个氨基酸组成的38kD的蛋白质。它不仅具有催化活性，而且与限制酶相似，能够特异性识别loxP位点。LoxP（locus of X-overP1）位点长为34bp，包括两...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-01

ChIP-seq和ATAC-seq基础知识（视频）

前言：后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关 染色质可接近性的文章，考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解，所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。（视频讲者：张健教授团队张月明）主要内容启动子、增强子的概念什么是基序（motif）什么是染色质可接近性什么是组蛋白修饰研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-01

叙说“热图”

原理提起热图，大家可能马上就能领会：热图不就是差异表达基因在不同分组样品中的表达水平吗？一般一列表示一个样品，一行表示一个基因，其中的颜色表示的相对表达值。但说到热图与机器学习，很多人都会惊讶：一个简单的热图与高大上的机器学习能扯上什么关系？都说“越熟悉越陌生”，这话放这一点儿不假；大部分人都接触或亲手绘制过热图，但在这个“过度包装”的时代（很多软件和在线工具都实现了“一...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

多种荧光蛋白GFP、RFP的研究及应用

荧光蛋白（fluorescent protein）属于一种可视化的报告基因编码蛋白，在一定的波长下可发出明亮荧光，它的特点有荧光稳定、容易检测、对细胞无毒害、无需底物和无物种特异性等。常见的有绿色荧光蛋白、红色荧光蛋白等。绿色荧光蛋白（GFP）简述及应用：绿色荧光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的具有潜力的标记物，分子量约27kDa。荧光基团能够自身催化组成生色团，通过紫外光或蓝光激..... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DN...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

小众但对科研帮助非常大的数据库--引物、结构域、功能

一：GETPrime数据库我们经常为寻找基因和特定转录本的qPCR引物所犯难，不用怕，在GETPrimer你可以得到所有基因的引物，并且考虑了SNP等情况。直接可视化设计出来基因的位置。二 InterPro分析蛋白的相关结构域信息三 ReFOLD蛋白质3D模型的细化可以被认为是蛋白质结构预测的“终末游戏”。通常需要对预测模型进行微妙的改进，将它们移动到“最后一公...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

生物极客大讲堂 | 教你如何设计gRNA

第一步 确定您想要定位的基因组区域您需要首先找到哪些外显子存在于您的靶基因的所有转录物中。要在Benchling中获取此信息，请点击右上角的“create”，然后点击“create CRISPR”。 在下一个对话框中，您可以搜索您感兴趣的基因。以下是在人类基因组（hg38）中搜索Ano6的示意图。在Advanced Settings中，您可以选择所有转录物以在基因组上应用注释。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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